El Liceo fue fundado en 1953 por las Hermanas Misioneras de la Caridad, junto al padre Damián Acuña párroco de Nuestra Señora de las Mercedes, como respuesta a la necesidad de entregar formación cristiana para las niñas de Puente Alto. A comienzos de los años 60, el Liceo pasó a manos de la congregación de “Don Orione”, año en que empezó a impartir enseñanza media y a recibir alumnas internas. En 1972 las religiosas de María Auxiliadora se hicieron cargo de la administración por 20 años. En esa época el colegio fue conocido con el nombre de María Auxiliadora y con la ayuda de donaciones se construyó el gimnasio.
El Liceo Nuestra Señora de las Mercedes, aludiendo a la imagen de la virgen, madre protectora y misericordiosa se integró a la red de colegios CEAS en 1992. En 1996 se dio inicio a la educación pre-básica mixta y el 2008 se graduó la primera generación de jóvenes. El 2001 se celebraron los 50 años del liceo con la presencia de su fundador Damián Acuña.
