El Colegio se creó en 1992 como respuesta al nacimiento de la villa Los Pensamientos en la comuna de La Granja. A fines de 1996 comenzó a ser administrado por la Corporación Educacional del Arzobispado de Santiago, CEAS. Esta nueva etapa estuvo marcada por la eucaristía celebrada por Monseñor Eladio Vicuña el 12 de diciembre, día de la Virgen de Guadalupe, desde entonces el colegio adquirió un sello católico y adoptó el nombre que tiene hasta hoy.
Con la construcción de nuevos pabellones, el año 2000, se empezó a implementar la jornada escolar completa y desde el 2013 todos los cursos de enseñanza básica y media están incorporados a esta jornada. El año 2002 se inauguró la capilla, lugar central de la vida espiritual y pastoral del colegio.
Como un gran hito de la comunidad escolar, el 2019 el Colegio se adjudica el sello Liceo Bicentenario de Excelencia que representa el trabajo comprometido por entregar una educación de calidad a todos y todas sus estudiantes.
